使用DriverPower識別癌癥driver基因的綜合負荷和功能影響測試
2020-12-24 14:21
科研菌
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利用上述元件對模型性能進行評估時，作者的分析結果發(fā)現(xiàn)：將兩種算法分別構建的模型應用于大型訓練人群（如泛癌組）以及應用于測試元件集時，均顯示出出色的性能（圖1b－c）。
圖1．兩種算法分別構建的模型的性能評估
其次，作者分析發(fā)現(xiàn)，隨機lasso＋GLM和GBM均可用于以不同方式對特征重要性進行排名。兩種方法的特征選擇排名均顯示H3K9me3（與異染色質相關）和H3K27ac（或其拮抗組蛋白標記H3K27me3）是BMR最重要的預測因子（圖S2）。
圖S2．特征重要性排名
2．功能校正
在以往大多數(shù)基于負荷的方法中，均會對突變進行加權處理。但并非所有突變都具有相同的功能結果。為了合并功能結果等信息，DriverPower實現(xiàn)了功能校正。功能校正步驟可以增強具有較高預測功能影響的突變。在當前實施中，作者使用四個已發(fā)布的評分方案（CADD16，DANN17，EIGEN18和LINSIGHT19評分）來評估功能影響分數(shù)（圖2a－b）。
圖2．功能影響評分（functional impact scores）
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